ریشه های نین جوتسو ژاپنی در مکاتب رزمی سنتی چین است . آنها به هنر سنتی لین کوئی تعلق دارند.(در زبان چینی) ماندارین چینی ، به معنای ارواح جنگل است. مورخان هنرهای رزمی و محققان دیگر معتقد هستند چنین گروهی در جنگلهای چین سالها پیش وجود داشته است . این سبک قبل از ظهور نین جوتسو ژاپنی در چین وجود داشته است .
تقریبا در طول سلسله تانگ در چین ، برخی از اعضای لین کوئی به ژاپن سفر کرده و هنرهای رزمی مخفی خود را در آنجا در بین مردم محلی آموزش دادند . این روش در نهایت به هن
ر ninjutsu گنجانیده شد. اعتقاد بر این است که برخی از لین کوئیها در ژاپن ماندند و به عنوان زاهدان کوهستان و یا کشیش ، به عنوان Yamabushi (کسانی که در کوه ها پنهان) زندگی میکنند شناخته شدند . این اصطلاح به شاخه جدا شده از زاهدان کوه ها ، مرتاضان ، و "مردان مقدس" ، که جستجو برای قدرت های معنوی ، عرفانی ، یا مافوق طبیعی به دست آمده از طریق زهد هستند اطلاق می گردد . سایر نینجاهای لین کوئی به کشور کره عزیمت کردند و در انجا آموزه های خود را ادامه دادند .
لین کوئی ها در جنگلها برای قرن های متمادی زندگی می کردند. تاریخ و زمان آخرین شر لین (استاد بزرگ لین کوئی ) پس از کاهش قبیله نینجاها ، به ایالات متحده نقل مکان کرد . آخرین شرلین در سال 1970 درگذشت ، و از آن زمان به بعد، یکی از اعضای قبیله به نام لی هسینگ ، که ادعا میکند که یکی از ارشدان آخرین شرلین بوده است ریاست مکتب را به عهده گرفته است . لی هسینگ مؤلف دو کتاب در مورد نینجا چین : "اتصال نینجا چین" "مهارت های رزمی لین کوئی : میراث یک نینجا می باشد .
اين عقيده كه نينجوتسو همراه با آئين بودا به ژاپن وارد شده قويتر و محكمتر است ، سالهای گذشته در چين و ژاپن به مهارتهای يك نينجا اهميت های فراوانی داده می شد .
آنها يك نينجا را انسان فوق العاده می دانستند و به شدت از آنها ميترسيدند ، گفته ميشود سرچشمه نينجوتسو قبل از ورود به كشور ژاپن به نام (( فاشو يعنی هنر سياه چينی )) لقب داشته است و بعد از اينكه به كشور ژاپن وارد شد توسط ژاپنی ها اصلاح و به تدريج توسعه و ترويج يافت و به هنرهای رزمي زيبا و سريع ، مخوف و پيچيده مبدل شد .
دركشور چين معمولا" نينجوتسو ( يين ، سين ، شو ) يا تكنيكهاي ناپديد شدن جسم ناميده ميشد . اولين سند نوشته شده اي كه در آن نينجوتسو نامبرده شده است كتابي سيزده جلدي مربوط به استراتژی نظامی ( علوم لشكر كشی ) با نام "" هنر رزم "" كه توسط ( سان تزو ) نوشته شده است استفــاده از نينجــوتسو به عنــوان يك تاكتيك نظـامي در آخرين جلد اين كتاب و در بخشي بنام "" يوما "" شرح داده شده یک کتاب به نام شوالیه تاریکی نوشته دکتر هایها لونگ که در مورد مبارزان جهان شبهای مرگبار و کماندوهای ؛ لین کوئی و مدت زمان آموزش آنها تحت رده Moshuh Nanren بحث می کند . Nanren Moshuh لین کوئی به عنوان تروریستها ماهر و محافظ خانواده سلطنتی چینی کار کرده بودند.آنها هرگونه خطرات که ممکن بودمتوجه خانواده سلطنتی شود را با بکارگیری امکانات لازم از بین برده و خنثی می کردند . Nanren Moshuh بعدها به عنوان پیشگامان نینجا ژاپنی شناخته شدند.آنها برای خدمت به امپراطوران چینی درچین با کشورهای متخاصم دوره (453-221 پیش از میلاد) مشغول به جنگ شدند .
نین جوتسو ریو در عهد باستان در چین رواج داشت. این کشور، جامعه ای دفاعی بود که دفاع از مردم را به هنرهای رزمی اختصاص می داد. می توانید کتاب های جالبی را پیرامون آموزه هایشان در رابطه با "هنر رزمی " Suntzu بیابید. ورژن چینی نینجا لین کوئی (اهریمن جنگل) نام داشت. جامعه رمزآلود نخستین بار از چین به کره انتقال داده شد. در کره جنگجویان هورانگ هنرهای خود را یاد گرفتند و در نهایت این گونه هنرهای رزمی به ژاپن در 715م از هیبت رمزآلودی که از کوه ها ظاهر می شد به نام En no Gyoja نشأت گرفت، این هیبت لین کوئی نینجا نام داشت و به دنبال گسترش جامعه ای در ژاپن بود و قطعاً موفق شد و این جامعه در گروه ها یا خانواده های کوه نشین نواحی حومه پدیدار شد.
در حدود چند قرن بعد سه نینجا ریوی اولیه توسعه یافتند: فوماریو (حدود 722AD) کوگاریو (حدود 939AD) و سپس ایگاریو ( حدود 1030AD). این گروه ها در اواسط سال های 700AD و 1050AD توسعه یافتند، آنها بیشتر نواحی به صورت گروه های کوچکتر و به عنوان گروهی در نواحی متفاوت عمل می کردند (بجز سرای ریو که جداگانه عمل می کرد) و در نهایت با گذشت زمان از یکدیگر جدا شدند. در این بخش به تاریخچه ای که منجر به بروز نینجا در ژاپن شد میپردازیم: این نوجیوجا رئیس جامعه رمزآلود ژاپن بود که کاملا در 722AD گسترش یافت بنابراین افسانه نینجا متولد شد. پس از جنگ های داخلی ایالت های چین (400bc – 700AD)، گروه های زیادی به ژاپن نقل مکان کردند ودر ایگا/ کوگا و نواحی هویو ساکن شدند. لیوکوئی در ژاپن پناهنده شد و در نواحی زیادی به ویژه در گایوجا، خانواده های کوه نشین، جنگجویان سرگردان، راهبان، مزدوران و کشاورزان ژاپنی را تعلیم داد.... شینوبی نام خاصی برای جنگجوی نینجای ژاپنی است. آنها در هنر رزمی آموزش می دیدند بلکه از فلسفه سنتی چین شامل بودا گرایی، پیروی از طریقت چینی، کنفوسیوس و مذهب بومی چینی شینتو که به آنها خواهیم پرداخت برخوردار می شدند. .شینوبی که از لحاظ روحانی فلسفه ی شوگندو نامیده می شد، عقیده ی روحانی شینتو و افسونگری بود که تونگ (tong) دنبال می کرد و معنای «ترویج نیروهای هماهنگ و طبیعی و ذاتی خدایی و قلب خالص بود» و بیشترین اهداف مقدسشان در قالب نینجا بود. آنها اعتقاد داشتند که همه ی مسیرها یکسان بودند و ماهیت مشابهی داشتند.
برای شرح بیشتر عقاید شینتو، عقیده به روح بزرگ مشابه با روح گرایی بومیان آمریکا در غالب کامی یا «ki» نیروی زندگی مورد احترام قرار گرفت و مانند tao نبود زیرا هر پدیده در شینتو دارای روح انسانی مقدس است. سپس زوج خدایی که دارای روح برگرفته از خدا و خدایگان معروف به نام های Izanagi و Izanami بودند ایجاد شدند این خدا و خدایگان از قدرت خلق همه چیز برخوردار بودند. با این حال مهمترین خدا نخستین فرزند این زوج خدایی بود و خدای خورشید یا آماتراسو نام داشت که در سطح بالای آسمان فرمانروایی و پیشگویی می کرد. هیچ گونه کردار یا تناسخ در جسم تازه ای که از عقاید بودا بود در این تفکر به چشم نمی خورد. روح را جاودانی تصور میکردند که در سرزمین مردگان (عالم اموات / سطح ستاره ای) پس از مرگ فیزیکی زندگی میکرد. روح مرده میتوانست شیطانی یا فرشته خو باشد و ستایش اجدادی مورد تکریم قرار میگرفت.
دنیاهای روحانی دیگر مانند دنیایی که در آن زندگی می کنیم نیز وجود داشتند، اما این دنیا هم اکنون روحانی تلقی می شود و شینتو معتقد است روح و طبیعت (ذات) با یکدیگر مرتبط اند. آرمان شهر یا دوزخی وجود ندارد اما دنیاها به واسطه متصرفات دنیوی به یکدیگر متصل میشوند. قوانین واقعی، قضاوت، عقاید دینی و مجازات یا گناه در شینتو راهی ندارد و تنها مقاصد آزاد و مقاصد خدایان که «اخلاص قلب» را در برمی گیرند مورد توجه قرار می گیرند.
نینجا شامل شیوه های رمزآلود منتخبی بود و هر سیستم عقیده را می پذیرفت، از این رو میتوانست فلسفه ی آنها را به کار گیرد و در حالی که دیگر عقاید را می پذیرفت، با آنها در میآمیخت. اما فلسفه ی فردی (شخصی) آنها از اهمیت زیادی برخوردار بود. «Toh Shindo» که به معنی «روش شمشیر قلب خالص» بود.
بیشتر نینجاهای اولیه شینتو بودند، اما بعد ها بودائیسم با عقاید آنها درآمیخت.... برخی نیز پیرو طریقت چینی، کنفو، مسیحیت، مشرکان، جادوگران و کاهنان بودند و ترکیبی از مسیرهای متحد و مسیرهای فردی مورد توجه قرار گرفت و از این طریق هر مسیر کاملاً یکسان بود و به هدف یکسانی ختم می شد.
جنگجوی معروفی در 939ad به نام Mochizuki Sabwro Kanei به همراه پسرش تحت فرمان رئیس نینجای خود به نام تاتسو ماکی هوسی به آموزش می پرداخت (رئیس آنها عضو جامعه tong اژدهای سیاه بود. جامعه ای شبیه به لین کویی در چین) و کوگارایو را در همان زمان گسترش داد و فوماریو شیوه رمزآلودی را ایجاد کرد و گروه سربازان مزدور و هراس انگیزی که اموال مردم را به غارت می بردند و از جانب ناحیه ی هویوی چین حمایت می شدند، پدیدار شدند. این گروه مهمترین نین جوتسوریو در خارج از مناطق ایگا و کوگا بودند. اطلاعات حاضر بر اساس عقاید شخصی نویسنده یا نقطه نظر افراد دیگر نیستند و برگرفته از تاریخچه ی مکتوب این دوران هستند و سنت های نینجای با شکوهی مبنی بر اسناد تاریخی وجود داشتند و هنوز هم به چشم می خورند.